Selepas pemimpin rohaniah Syeikh Ahmed Yassin dibebaskan pada 1997, Haniyeh dilantik menjadi pengerusi Hamas. Tapi Israel mensasarkannya sebagai orang yang bertanggungjawab membunuh rakyat Israel.

Pada 2003 dia cedera di tangan selepas tentera udara Israel melepas tembakan di Baitulmuqaddis. Serangan Israel ini berikutan tindakan pejuang Hamas meletupkan diri dan mencederakan warganegara Israel. Pengaruhnya semakin meningkat selepas Kebangkitan Intifada terutama kerana hubungan erat dengan Syeikh Ahmed Yassin dan ramai pemimpin Hamas dibunuh oleh pihak keselamatan Israel.

Pada Disember 2005, Haniyeh telah dilantik mengetuai parti Hamas dan Januari 2006 memenangi pilihan raya Palestin.

Pada 16 Februari 2006, Hamas mencadangkan Ismail Haniyeh sebagai Perdana Menteri Palestin. Pada 30 Jun 2006 kerajaan Israel mengancam membunuh Haniyeh jika militan Hamas tidak membebaskan Gilad Shalit. Gilad Shalit ialah tentera Israel yang telah menceroboh dan mengintip di kawasan Gaza. Gilad tidak mengalami sebarang kecederaan.